药材变性：微波炉的加热原理是通过微波作用于食物，使其内部分子产生震动而生热。利用微波炉煎中药时，药材内部分子震动产热的过程中，使药材从分子水平发生破坏变质，失去原有效能。

　　煎煮方法：中药包括植物药、动物药和矿物药，各种中药的质地、性质往往有显著差异，因此，煎煮方法或煎煮时间常不相同。有先煎、后下、包煎等。煎药容器通常加盖，如果用微波炉很难确切地知道中药什么时候煮开了，加入的水是否足够，难以直接透过微波炉的门窗观察，煎煮过程中也不方便搅拌中药。

　　火候和时间：煎药很讲究火候。火候的控制可根据药物的性质和质地进行。气味芬芳的中药，适宜用武火就是大火急煎，煮沸数分钟后，改用文火即小火略煮即可，否则药效减弱。若用微波炉煎药，火候和煎煮时间难以掌握。煎中药要先用大火煮沸，后转文火煮15~20分钟。不同的药煎服时间亦不同。因为中药是用慢火煮的，微波炉加热的原理是快速由内至外，中药的药用效果就体现不出来了。